今さっき手持ちのDVDでズレが発生するかどうか
もう一度確認してみました。

トトロの小さなチャプターをVOBにしてエンコしてみましたが
ダメですねえ。DivXでもMpeg4でも同じ時間だけズレます。
OSExでVOBに抜く時に29.97FPSである事を確認して29.97FPS
で両方ともエンコしましたがこれがズレの原因でしょうか。
おそらくサウンドトラックにあわせて引き延ばせば同期するとは
思います。

VOBに抜き出すツールを変えればズレ難くなるとかそんなの
ありませんかね。