今もう使ってないから検証不能なんだけど（参考までに見てるだけ）、
＞保存しないまま、他の（昔の）設定を読み込んで　設定が書き変わる
ようなら、その設定をバックアップしておかなければ単純に保存しても
意味がない。
逆に書き変わっていないのならそれをそのまま保存せずに閉じれば、
あるいは改めてその直前の設定を読み込み直せばなおる。

ていうか、登録していた項目のフォルダは
上書きされないはずなんだけどなぁ・・・
それを改めて開けばいいわけで。
初期設定はバックアップがなければあきらめて設定し直すしかないだろうけど。