前スレ 969で質問させてもらった者です。
自己解決できました。Win2000を入れ直しただけで直りました・・・。

そこでJaguarのWindowsファイル共有機能を使った共有方法をまとめたいと思います。
ファイル共有時の濁点問題でお困りの方がいたら参考にしてみてください。

1-1　「システム環境設定」の「共有」で「Windows ファイル共有」をオン
1-2　「システム環境設定」の「アカウント」の「ユーザーを編集」から
「Windowsからのログインを許可する」をオン
1-補足　Mac側のIPアドレスは固定にしておきました。

2-1　Virtual PCの「初期設定」で「バーチャルスイッチ」を「内蔵Ethernet」に設定
2-2　Virtual PCのVirtual PCリストで仮想マシンの設定。
「ネットワーク」欄から「バーチャルスイッチ」を選択

3-1　仮想マシンを起動し、ネットワークに接続できるか確認
3-2　仮想マシンの「ユーザー名」をMacの「アカウント名」と同じものにする
（パスワードも一緒にしておくといいかも）
3-3　仮想マシンの「ﾏｲﾈｯﾄﾜｰｸ」内の「近くのコンピュータ」を開く
3-4　うまくいっていれば、Macの「ユーザー名」（アカウント名ではない）の
アイコンがあるはず
3-5　アイコンをクリックするとMacの「Home」フォルダーにアクセス可能
3-補足　仮想マシンのIPアドレスは「DHCPサーバを参照」にしておきました。

以上の手順で濁点を気にすることなくファイル共有ができました。
ちなみにWindows 2000 Proで試したので98系でできるかわかりません。