テーマによってはツールバーがアクアのままだった、または
パーツの一部が気に入らない、という場合は
ttp://www.desktopper.net/customization/os_x/002/index.html
ttp://www.desktopper.net/customization/os_x/048/index.html
この辺を参考になる。
下に関係ありそうなソフトを書いてみたよ。

<テーマ作成用ソフト>
ThemePacker
(MetamorphXについてくる)

ThemePark
ttp://www.geekspiff.com/software/themepark/

Sprocket
ttp://www.blackholemedia.com/

Catalyst(rsrc編集ソフトと画像編集ソフトをつなぐ)
ttp://conundrumsoft.com/Catalyst.php

<リソース関連>
DR(データフォークトリソースフォーックを入れ替える)
ttp://hp.vector.co.jp/authors/VA019500/

Resourcer(リソースエディタ)
ttp://www.mathemaesthetics.com/DemoPage.html

ResEdit(OS9まで)
ttp://download.info.apple.com/Apple_Support_Area/Apple_Software_Updates/English-North_American/Macintosh/Utilities/ResEdit_2.1.3.sea.bin