ライブラリフォルダがいっぱいあるのは、
おいらも最初わかわかめだった。
しかも中身も同じようなものが入ってるし。

なんとなくわかってきたのは、

システム/ライブラリは全ユーザ共通で、基本的に変更しないものが入ってる。

root/ライブラリも全ユーザーにも共通で使うものだけど、
アプリのインストール時のApplication Supportとか、初期設定なんかが
書き換えたりされることもある。

ユーザー/ライブラリは、そのユーザーでログインした時だけ現れる
様々な設定やフォントやライブラリ、ってな感じだと思う。