>>14
user.jsに
user_pref("capability.policy.default.Window.open", "noAccess");
の行がありませんか？あればChimera終了後に
user.jsとpref.js（両ファイル共に）の該当行を削除してみてください。

Chimeraやmozillaでは起動時にuser.js、pref.jsの順に設定を読み込み、
終了時にpref.jsにその設定を書き出します。ですのでChimera起動中に
pref.jsを編集してもその設定を読み込んではくれませんし、上書きされるので
消えてしまいます。user.jsは起動時に読み込むだけですので、こちらに書いた内容
は次回起動時に読み込まれます。