以前に試した（>>614）OS Xドライバでのカスタム用紙サイズ登録なんですけど、
必要に迫られる事が無かったのと、OS9でやればOKなので放置していたところ、
Discussion Boardで他のプリンタですが同様の症状の報告がありました。

http://discussions.info.apple.co.jp/[email protected]@.efa9c07

ちなみにうちのMD-5500で以前試した時はA5サイズを登録して行ったのですが、
上の報告の通り、最初に無駄に紙送りがされ、A4サイズの最後にあわせるように
A5サイズで印刷されていました。
10.2.5で直っているかなと思い再度試したのですが、やはりダメでした。
OS側の問題でしょうか…皆さんの所ではどうですか？