カラーマッチ切っても、例えばY50+K100などはそのまま出なかったと思う。
（他のCやMが混ざる。やってみそ。）
RIPなら頭で考えた通りの印刷になる。
(Y100だけの印刷なら、どっちも同じかもしれないね。）

アプリにもよるんじゃないのかな。（上記はイラレ5.5）
この話、ここで数行で説明できるような、簡単な話ではなかったような。
カラーマネジメントとか、カラーマッチングでググってみて下さい。