>888,889

 今まさに同じ現象が発生し悩んでいたところでした。
 私が使っているのはNetFinderなのですが、初期設定の「.で始まる不可視ファイルを
表示する」オプションをONにし、キャッシュを削除・リスト更新ても.htaccessファイルが
見えない状態になってしまっています。最初はアップロードに失敗したのかと思いきや、
WinのFFFTPでは見えました。

 サーバの種類によっては見えたり見えなかったりすることってあり得るのでしょうか。
アップロード時にはファイル名htaccess.txtにし、手動でアスキーモード転送してから
.htaccessにリネームしています(XREA推奨の手順)。

600番台まで落ちていたのでage