>>19
OS XのCD-ROMで起動して、Disk First Aidかけてみては?

それか、バックアップは既にとってあるとのことなので、
初期化→再インストールが面倒がなくていいかも。
10.15のシステムは、10.1のDisk Utility では初期化出来ない
つうのをTecinfoかどこかで見た記憶があるので、
初期化する時は、OS 9のCD-ROMで起動してまっさらにしてください。