OSの上書きインストールって
もともと入ってるOSの内容とアプリを消してHDフォーマット後
OSのバージョンを上げるクリーンインストール

もともと入ってるOS自身の初期設定のみ捨ててOSのバージョン上げて
アプリなどはそのまま。

もともと入ってるOS自身の初期設定も維持したままOSのバージョンあげて
アプリはそのまま

っていろんなパターンがあるからどれになるか
一概に言えないと思われ。