自分はApplicationフォルダの中をジャンル別をこんな風に分けてます
Application/
0.Dock（ドックに常に登録してる良く使うアプリを格納）
1.Tool
2.Study
3.Customize
4.Network
5.Arts

こういう風にフォルダ整理したアプリケーションフォルダを
ドックに登録してその後、
２ボタンマウスでドックから右クリックでフォルダクリックして
てアプリを開くようにしてます。