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ごめ〜ん、だいぶ遅レスになっちゃった。もうみてないかな？
デスクトップにファイルを置きすぎると、デスクトップファイル（シャレじゃなく）
が大きく、複雑になりすぎてFinderの負担になる。
＞仮想メモリoff〜
以下の部分がよく分からないんだけど、通常のアプリへの割り当てについて、
でいいのかな？
それは使うアプリによるんだけど、扱うデータが重くなりやすいもの
（写真屋、絵描き屋など）や、アプリケーション自体が重いもの
（事務所）なんかは「推奨」の1.5倍を目安に上げてやると、
安定しやすいといわれてる。
あとは物理（搭載）メモリの量と相談して、お好みで。
＃ちなみにうちのIEはとりあえず30MBふっとります。
ただし、OS9.1から自動でアプリに必要な割り当てをOSに投げる、
という機能が付いたようで、
必要以上にふりすぎると無駄な空きメモリを増やすだけになるよ。

ちなみに、Finderが強制終了する、というのは別に珍しいことじゃなく、
アプリケーションのトラブルなんかで簡単に発生するよ。
あまり頻繁に起きるなら、めぼしいアプリの初期設定や、
OS関連の壊れやすい初期設定を片っ端から捨ててみると、
安定するかも。