単にヒートシンクとCPUコアの接触が悪くて熱暴走してるだけじゃないの〜？
あと、Rev.1は一部ZIFカードで動作不安定になることがあると昔から
言われているので、Rev.2のROMを入手してみてはいかがかと。

バスクロックを弄らなけりゃメモリがPC66だろうがPC100だろうが混載してても
特に問題はないよ。もちろんメモリ自体が粗悪品だった場合はその限りでは
ないけどね。
あと、CPUの動作クロックは何MHzに設定しようがMPC106がちゃんと調停を取って
動作するから、設定可能な上限は殆どの場合、ZIFカードのクロックアップ耐性
（CPUコアそのものとキャッシュメモリの双方）に拠る所が大きい。