NTFSにすると、あとでディスクイメージのサイズ変更できなくなるから、
最初は普通にFAT32でフォーマットしたほうがいいよ。
2000のインスコ終わった後でもNTFSにコンバートできるし、必要な容量を
見極めてからでも遅くないよ。