CCCは1.2.2から作ったディスクが自動的に起動ディスクになるように
なった。

起動ディスクはクローン側になっているから、そのままクローンで再
起動して起動ディスクとして使えるか確認すればいい。
再起動の時間がおしいなら、システム環境設定の起動ディスクで設定
し直すことで、アンマウントできるはず。

不可視や見覚えのないファイルがあるのは、非起動ディスクの中を覗
いているのだから、それで当たり前。OS Xの不可視フォルダーが見え
てるだけだよ。