>>659 遅レス、スマソ
> その後も./configureの前に
> %setenv CPPFLAGS -I/usr/include
> とか設定しても、/usr/includeを探しに行かないみたいなんです。

詳しくはわからんのだけど、vimに付属しているconfigureがgcc3に対応してないからかも。
srcディレクトリでautoconf -o auto/configureしてからconfigureすると
ヘッダファイルもちゃんと見つかるよ。