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OS X再インストールする前に…。
command + Sを押しながらMac OS Xを起動して（シングル
ユーザーモード）、

fsck -y

を2〜3回実行。

reboot

で再起動、通常のOS Xに復帰。

をやってみるとどうだろう？　これはDisk First Aidみたいなやつなんだけど。
これで調子良くなるかも？