エンコードしたMP3ファイルの途中に「ザッ」って言う感じのノイズが入ってることってないっすか？
何枚かに１回、１曲そうなっちゃうんだけど、同様の話をあんまり聞かないもんで

検索するとPowerBookのHDDのせいで必ずノイズが入ってしまうことがある、という
事例があったけど、その場合は何度やっても同じノイズが入るらしいが
うちの場合はやりなおせばノイズ無しでエンコードしなおせてます。

SoundJam、iTunesどちらでも起こってます。
PismoでOS 9.1、9.2どちらでも同様になってます。