>>332
たぶんシステムCDから起動して初期化しようとしてるんだろうけど、
そのシステムのバージョンは何を使ってるのかな？。
例えばOS 9.0.2とか9.0.4は、付属のドライブ設定に問題があったりする
というのがAppleのサイトに書いてたことがあるし。
9.1付属のドライブ設定なら問題ないみたいだけど。
とりあえず、>>333の云うように丸ごと1パーティションでフォーマット
（物理フォーマット+ゼロクリアのオプションで）してみて、それがうまく
いってからもう一度考えてみたら？。
初期化に不安な気持ちを残したまま、インストールして使い始めるのは
結局禍根を残すだけだよ。