さて、googleで調べてみたら上記のエラーは*.xptのどれかが壊れて
いる場合に出るらしいことがわかりました。
(http://www.geocrawler.com/archives/3/137/2001/10/150/6770587/)

とりあえずよっしさんのJ版と本家版の
Navigator.app/Contents/MacOS/components/*.xptをcmpした
けど違いはなし。両方で同じエラーが出ているからそりゃそうか。
旧版の*.xptファイルが入手できれば一つずつ差し替えて特定できるかな
というところ。

どこかで旧版をダウンロードできないですかねぇ？
本家サイトには旧版はないみたい。
cvsから引っ張ってきてbuild試してみるか…。