StrageFighter というものを使っていないのですが、PCI ボードで
ATA-66 とかでつなぐ HDD を増設するものですか？
試しに増設 HDD にシステムを入れておいて、内蔵 HDD のコネクターを
抜いたとしたら起動しますか？

だめだとしたら、内蔵の HDD は外せないと思いますよ。起動時に、
内蔵 HDD から PCI ボードの情報を読み込む仕組みということですから。
この場合は中には入れられませんから、引きずり出すか（恐いけど）、
外部増設用の（SCSI とか FireWire）ボードを入れるしかないと思います。

マスター／スレーブは HDD のコネクターに付いているショートプラグを
挿し替えるだけです。