アプリの実行速度が遅くなるってことはないっすね〜。
起動速度に関しても遅くなってるという感覚はないです。
外部HDDからのアクセスならともかく、内蔵HDDですしね。
特に不便は感じてませんよ〜。

何故アプリを別パーテにしてるかというと
・8G問題があるので、OSパーテの容量を増やしたくない
・OSパーテのCD-R丸ごとバックアップが可能
・OSパーテのデフラグが速い
・システムの安定度が増した（多分思い込み...ﾜﾗ）
特に8G問題に依って、この方法をとってます。
あとは個人的好み...かな。（ﾜﾗ