お店にとってはただの梱包材でしょう｡いくらでも代替がきく。
それに価値を見出す人は修理時に出さないのが自衛策。
今回の件は誠実な対応と謝罪があるということだから相手も
反省しているでしょう｡
やはりそれ以上の金銭、物品要求はクレーマーだと思います｡

自分の経験ですが、ソフマップに中古PBG3を２３万ほどで売った
とき、問い合わせの返答では箱の有無は関係なかったと思います｡