そうかな？そんなことめったにないと思うけど
壊れやすい（かった？）初期設定ファイルはあったけど、その他ではそんなことほとんどおきないよ。
ファイルが壊れるというか、ディレクトリ構造が壊れることにより、ファイルにうまくアクセスできないような状態になることはたまにおきる。

しかし、いちいちレジストリだとかに気をつけなきゃいけないWinの方がかったりー