Carbon Copy Cloaner使いました。
最初適当にやったらエラーで止まっちゃったけど、注意書き読んでやったらできた。
今はコピーしたシステムで起動して、ここに書き込んでいます。

The following files/folders at the root level are unnecessary to backup: "dev", "Volumes",
"Network", "etc", "cores", "tmp", "var", "automount", ".vol", "mach", "mach.sym", ".DS_Store",
"Cleanup At Startup", "TheVolumeSettingsFolder", "File Transfer Folder", "Trash", ".Trashes",
"TheFindByContentFolder".

これをリストからはずしてコピーを実行すればOKです。
コピーの最後、全部終わるかな、ってところでアプリが落ちちゃって失敗したかと思ったけど、
全部コピーできてたみたい。起動すると、いつもの見慣れたちらかし放題のデスクトップが現れました。
これスゲー便利。