もしかすると、なんだけど。

iPodのディスクってパーテーションが2つあるってことはない?
1つめは非HFSでMac OS からは見えない。iPodのシステムはここに
入っている。2つめはHFS+のいつも見えているやつ。

パーテーションを壊さないでフォーマット(volumeの初期化だけ)
した場合には、後者しか壊れないから、どうってことはない。
でも、パーテーション切り直すところからやっちゃうと、前者も
こわしちゃうんで、iPodじゃなくなっちゃう。

B's crewでは、iPodを見ることができないんで、これ以上調査が
できないんだけど(なんかうまいツールありましたっけ)。