私も寝ている間に診断モードでHDD SCANしてみました。
結果は・・・SCAN FAILでした。
どーもHDに致命的な損傷があるようですな。
ディスクスキャンモードの方でもやってみましたが、
HDアイコンに重なって「！」マークが出てきました。

曲飛びは思っていたよりも高い確率で生じるようです。
ある場所では半死ファイルが固まって存在していることが分かりました。

これからの対策案
・一度全ファイルを消去してからもう一度HDD SCANしてみる。
・買ってきたB's crew 4で物理フォーマットをかけてみる。
・修理に出す。
・不良領域にダミーファイルをおいて、使える領域だけでやりくりする。

ところで、話は変わりますが、
手元にコンパクトフラッシュとTypeII用のアダプタ（厚さ5mm)があるんですが、
これってiPodに差したら認識するかなぁ？
まぁ認識したとしても凄くスペックダウンしちゃいますけど・・・。