Project Bulder のプロジェクトに例えば画像なんかのリソースを
フォルダごと Resouces に追加しても、ビルド後にアプリの
ラッパを開くと、Resouces の直下に各ファイルが置かれている
のですが、フォルダの階層を残したまま Resouces に追加できない
んでしょうか? 画像は画像、サウンドはサウンドという風に
分類して格納したいのですが。

うちの環境は Jagar とそれに付いてきた DevTool です。