自分で、他のアプリケーションでつくったデータってこと？
たとえば、
PhotoShopで作ったある一つのファイルが、システム。
この場合はOSを入れ替えると、ファイルが壊れるんでしょうか？
ってこと？

それは１００％無い。絶対無い。普通に考えてもない(言い過ぎ?)。
それなら、Macのシステム入れ替えでも壊れるって。