>>とく様
　思いつきなんですが、字幕をQuickTimeのテキストトラックに書き出せる機能とか
どうでしょうか？
　QuickTimeならトラックの有効無効も切り替えられますし、90分程度のモノなら
吹き替え音声データと字幕のテキストトラックを追加してもCDに押し込めそうですし、
ニッチな似非DVDっぽいの作れて面白いと思うのですが…