captyはMPEGで、foemacはDVです。アナログ映像を変換する形式が違います。
iMovieで編集したいならformacでしょう。
でもファイルサイズはでかいです。
CaptyのMPEGは、ビデオCDに焼いたり、DVDビデオに焼いたりすることができます。
ソフトやCD-RとかDVD-Rドライブは必要だけど。
まあ、コンパクトに映像ファイル化するのはMPEGがいいでしょうね。