ログイン項目に妙なものが入ってないのかチェックして、
Classicの"日付と時刻"で時報がチェックされてないかチェックしてみては。
起動時のソフトウェアアップデートのチェックがひっかかった時って
そんな音するけど、画面には何も出ないのよね。一応それもチェック。