あ、昨日の人だ。
どうやっているかわからないけど、お気に入りの配置がきまったら、

tell application "アプリケーション名"
set bounds of front window to {X座標, Y座標, 幅, 高さ}
end tell

のようにfront windw to を使って同じ座標と大きさのスクリプト
を別に書いとけば再前面のウインドウを直してくれるから、
ウインドウ名を指定するより楽です。