9.0.2や9.0.4に付属のドライブ設定に問題があるのはAppleが認めてたはず。
で、問題を解消するには再初期化しなくても、Disk First Aid 8.6（以降？）を
使うととよいという話だったと思う。くわしくはここを見てね。

http://www.apple.co.jp/ftp-info/reference/disk_first_aid_8.6.html