306さん
とりあえず、増設部を全部外して出荷時に戻してから、
メモリのインターリブをはずして、拡張類をインストールしなおしました。
そしたら、きちんと終了してくれるようになりました！
以前の機能拡張をほとんど外し最低限でやってます。
これからちょっと試してみたいと思います。
ほんとに、ありがとうございました。

以下は単に質問なんですが、
ATAのHDだけで起動できるんですか？
俺のマックでは一度再起動してからじゃないと
ATAのドライブを認識してくれませんが、（いつも一度再起してから使ってます）
こんな状態は間違いでしょうか？しかもこのまま純正HD外しても使えますかね？
いますぐにはできませんが、今後の参考に教えて下さい。