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HDの使用量がネットワークの速度に影響する可能性はまず考えられんが。
（測定ツールに影響する可能性...っていうのもちとつらいな）。

過去ログには他にいくらでもトラブルの例が出てたと思いますが、それを
踏まえた上でなおHDDに原因がありそうと思う？