Dockの欠点に
・起動中のアプリとランチャー登録してるアプリとの区別がしにくい
・沢山のアイテムが登録できはするが、使用状態にあわせた整理がしにくい
上記のような理由で、
「使いやすくセットアップすると、実際使いにくくなる」という矛盾があるように感じます。

DragThing4.1は
・プロセスDockが別に使えるので起動してる項目が（BackGroundも含め）管理しやすい。
・立ち上げたアプリごとにDockを表示させる等の設定が出来るので
　Dockがじゃまになるアプリの場合は自動的に隠せるし
　アプリごとに使用したいディレクトリを記憶させたDockを呼び出したりなど可能です。
不便なのは、
・登録した項目の階層表示が1段のみ
・ウインドウメニューをダブルクリックしても収納されない
　（俗に言うウインドウシェードがあれば・・・問題。cmd-Hで代用してはいるけど・・・）
の二つくらいかな・・・というかんじっす。