>ライブラリがネイティブってCocoaのこと？

言葉の定義が要りそうですね。
私のいう「ネイティブ」ってのはCPUが直接解釈できるコード
という意味ですので、現行のMacの場合はPowerPCのコードです。

たとえば、Javaで直線を描くときにアルゴリズムを
プレゼンハムを使うのか何を使うのかは知りませんが、
その実装がバイトコードではなく、PowerPCコードだといいなぁ、と。

もちろん、Javaが一度書いたらどこでも動く思想のために
中間言語（バイトコード）を採用しているのは知っていますが、
ライブラリまでバイトコードで書かないで欲しいなぁ、というのが
率直な意見です。