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大方の予想通りではありますが，Carbonと言っても
9.xと OSXの両方で単一のアプリが動くとは限りません。
まずGUIデザインが変っていますので
ボタンの幅なんかを調節しなければいけません。

あとは，たとえば CD-DAを演奏するとか
そういうことになると，IO-Kitを叩く（らしい）とか
そういうことになっていき，だんだん 9.xと互換性が消えます。

他にもCarbon.libのバグかなにか知りませんが，
9.xと OSXではバグの挙動が違うということもあるから，
今のOSを取得して対策を切り替えるとか，色々要ります。

色々な方がやっているように，Carbonでも 9.x用と OSX用の
２種類リリースするのが一番いいのではないでしょうか。

最後に，一部で Carbonは Cocoaまでのつなぎで，
そのうち消えるという話もありますが，どうも違いそうな雰囲気です。
Cocoaは最初は感激しますけど，使っているうちに UNIXの泥臭さも感じます。
たとえば，ファイルのアクセスに pathを使うとか。
Carbonだと FSSpecが使えます。