そのWinMeは本当にCD-ROMブート対応してるの？
製品版はCD-ROMブート対応してなくてCD-ROMブートできるのはOEM版らしいけど。
http://www.netmedia.solution.ne.jp/products/vpc/wininst/wmeinstdos.html
こっちのやり方で途中起動フロッピーを作れるから起動フロッピー作ってそのフロッピー
から起動してインストールするっていうやり方がVPCの本に載ってたような気がした。
リンク先の方法とどういう違いがあるかはわからないけど