>>LavieCさん
機種は違いますが、PAD+USBスクロールマウス使えてます。
XF86Configを以下のように直してます。
なお、PADがMouse0、USBマウスがMouse1です。

Section "ServerLayout"
Identifier "Default Layout"
Screen 0 "Screen0" 0 0
InputDevice "Mouse0" "CorePointer"
### この下の1行追加
Inputdevice "Mouse1" "SendCoreEvents"
InputDevice "Keyboard0" "CoreKeyboard"
EndSection
### 中略　Mouse0定義の後に以下を追加

Section "InputDevice"
Identifier "Mouse1"
Driver "mouse"
Option "Protocol" "IMPS/2"
Option "ZaxisMapping" "4 5"
Option "Device" "/dev/input/mice"
EndSection
### 後略
参考になれば幸いです。