アーカイブにまとめた場合もdesktopファイルはexeファイルよりも手間がかかる。
Windowsのexeの場合は、

zip展開 → 偽装したexeを実行 → マルウェア感染＼(^o^)／

だけど、Linuxのdesktopファイルの場合はマルウェアのフルパスが必要だから、

（攻撃者が想定した場所に）zip展開 → 偽装したdesktopファイルを実行 → マルウェア感染＼(^o^)／

となる。
フルパスじゃなくてマルウェアのファイル名だけでも実行は可能だけど、
その場合はマルウェアをパスが通った場所に置かないと駄目なので、

（パスが通った場所に）zip展開 → 偽装したdesktopファイルを実行 → マルウェア感染＼(^o^)／

となる。

感染させるにはメール本文を工夫して、zipを想定した場所に展開させる必要があるので、
exeよりはまぁちょっとはマシかなって感じ。