色々アドバイスありがとうございます。
結論から書くと、BIOSで「Intel(R) VT-d」をオフにしたら、3D関係が使えるようになりました（16.04ja、16.04.1共に）。
「Virtualization Technology」はオンのままで問題なし。
unityとかxfceも特に選ばず。
なんで仮想化技術が、3Dとかメニューバーに関係してくるんだ…

後出しになっちゃったけど、グラフィックはi5搭載のhd2000で、
https://01.org/linuxgraphics/downloads/intel-graphics-update-tool-linux-os-v2.0.2
からdeb拾って入れたけど、特に変わらなかったです。