これから色々と検証する必要はあるだろうがあるアプリのwin32版をWindowsで動かすよりも
Linux版バイナリをLinux on Windowsで動かすほうが
どうしてもPOSIXシステムコール→NTカーネルAPIの互換レイヤが入る分だけ遅くなると思う

そのパフォーマンスペナルティーがかなりあるのであれば
Linux on Windowsはあくまでお手軽互換環境で、
ガチで使いたいソフトはやはりWin32版作って使ってね、ということになるかもしれない

そうではなく、Linux on Windowsが十分優秀であれば、将来いろんなOSSのWin32対応は減っていくかも