で、報告ですが。結果から言うと、元に戻せました。しかし問題解決できたとはとうてい思えません。
関係ないと思ってたんですが、ドックに戻す作業中に日本語表記がおかしくなってまして、
これまでguiでも日本語だったところがまばらに英語になってしまってました。
でもとくにシステム部分や設定ファイルをいじったんでもなかったので、それを直すのは後回しにしました。
しかしさすがに、端末でmanやhelpの記述まで和英ちゃんぽんになっては不便で仕方ないので、
一時しのぎと思い設定の言語サポートから全て日本語にするボタンをポチりました。
そしたらぜんぶ直りました。何なんでしょう、これ？
ちなみに求めてたコマンドラインは、
synaptic-pkexec だったようです。
実際に言語の問題がらみだったのか、それは判りませんし(海外のアプリですし英語から日本語にしたら余計おかしくなりそうな気がしますが)、
何故とつぜん日本語設定がおかしくなったのか、それも全て英語になったんでなく何故ごちゃまぜになったのか、
全く判らないことだらけです。
とにかく、疲れました。休んだら、自分のマシンに何が起きたのかじっくり調べてみようと思います。
回答くださった方々、本当にありがとうございました！