setxkbmap -option "ctrl:swapcaps" dvorak
xmodmap ~/.Xmodmap
でキーボード配列を変更しているが、ウィンドウを切り替えるとqwertyに戻ってしまう。
indicator-keyboardの削除も試したが、治らなかった。

tail -f /var/log/Xorg.0.log
[ 6981.163] (II) XKB: reuse xkmfile /var/lib/xkb/server-F65DD283C0AB5505165E3A3D57FA319636DA1411.xkm #←dvorakにしたとき
[ 6984.292] (II) XKB: reuse xkmfile /var/lib/xkb/server-D93CD450A9EDED85F9318F14E8F346928A60D2C1.xkm #←qwertyに戻ったとき

13.10 64bit