# cd /
ルートディレクトリに切り替えます。
# ls -all
root:root xwr x-r x-r .

となっているものを、
# chmod 751 .

とすれば、userはgnomeデスクトップでルートディレクトリ以上の内容を、/home/userのアクセスを除いて
見られなくなるでしょうか。

運用上支障はないでしょうか。
userに、/ディレクトリや/etcの内容を見られたくないんです。