俺は分けない派だけど分ける派の根拠としては
/varを別パーティションにしておけば/var/logとかが溢れても他のパーティション(/etcとか)に影響しない
/homeも同じ理由で別パーティションにしておけば/etcとかに影響しない
Ubuntuとかだとアップグレードするとき/homeだけ取っておいて新しいバージョンを新規インストールで代替できる
ぐらいかね