皆様、>>91 さんにFHS(Filesystem Hierarchy Standard)のお話してあげないの？
いやまあ、結局 ~/ (もしくは /home/<username> )なんですが。

# /media とか /opt とかも関わり合いができるかもしれないけどそれは余談かな？

Windowsでホームディレクトリだけっていうと不自由な印象があるだろうけど、
Linuxの場合はデスクトップ環境の造りの違いからかそんなに不便とか感じないと思います。
多分。